Godset grundades i början av 1600-talet av den danske jorddrotten Holger Rosencrantz och hette då Torup. Det såldes 1651 till Johan Månsson Silfverstierna som gav det namnet Stiernerup. Under 1700-talet och första hälften av 1800-talet bytte godset ägare genom arv och köp ett flertal gånger. Ägarlängden upptar bl.a. namnen Duréel, Lindheim, Fleetwood, Cedercrantz, Bennet, von Möller, Hammar, Tornerhielm och Lilliehöök.
1851 fick friherre David Stierncrona Kungl.Maj:ts tillstånd att överföra fideikommissrätten från Åkeshov invid Bromma till Stjernarp.

Då hans son David, den siste manlige av ätten Stierncrona, gick ur tiden 1927 upphörde Stjernarp att vara fideikommiss och ärvdes av hans fem systrar. Endast en av systrarna var gift, Eva med kammarherre Magnus Brummer på Fröllinge och hon hade med honom en dotter, Lotten, som gifte sig med Richard Hermelin. De fem systrarna sålde 1927 Stjernarp för "vänpris" till Richard och Lottens son Carl-Magnus. Han gick bort 1971 och var fader respektive morfader till de nuvarande ägarna, Eva och Jan Hamilton.